واتهمت المحكمة محمود الشاذلي بالتطرف الفكري وإثارة الفتنة، لكنه قال إنه كان يدعو إلى الوحدة الوطنية ومحاربة الفساد.
وفي عام 2014، حكم على الشاذلي بالسجن لمدة خمس سنوات، وغرامة قدرها 50 ألف جنيه مصري (2800 دولار).
وأفرج عن الشاذلي في أبريل 2017، بعد أن قضى أكثر من عامين في السجن.
وقد عاد إلى الدعوة الدينية، لكنه يواجه حاليًا دعوى قضائية جديدة بتهمة "إهانة الدين الإسلامي"، والتي ينفيها.
وتعتبر قضية محمود الشاذلي قضية مثيرة للجدل، وقد أثارت انتقادات واسعة النطاق من جماعات حقوق الإنسان والنشطاء الليبراليين.
ويرى البعض أن الشاذلي ضحية للقمع الحكومي، بينما يرى آخرون أنه يجب محاسبته على آرائه المتطرفة.
وتظل قضية محمود الشاذلي قضية معقدة تعكس التوترات بين الدين والسياسة في مصر.