ด้วยลักษณะที่เป็นหน่วยงานทางศาสนา จุฬาราชมนตรีจึงมีบทบาทสำคัญในการเป็นผู้นำทางจิตใจของชาวไทยมุสลิม ทั้งในด้านการปฏิบัติกิจกรรมทางศาสนาและการธำรงไว้ซึ่งขนบธรรมเนียมประเพณีอันดีงาม
พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวในฐานะองค์เอกอัครศาสนูปถัมภก ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งจุฬาราชมนตรีให้ดำรงตำแหน่งประธานกรรมการกลางอิสลามแห่งประเทศไทย ซึ่งเป็นหน่วยงานที่ทำหน้าที่พิจารณา กำหนดนโยบาย และวางแผนงานเกี่ยวกับกิจการศาสนาอิสลามในประเทศไทย
การดำรงตำแหน่งจุฬาราชมนตรีมีมาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยา โดยแต่เดิมเป็นตำแหน่งสำหรับผู้นำศาสนาอิสลามของคนมลายูในกรุงศรีอยุธยา ต่อมาเมื่อกรุงศรีอยุธยาเสียแก่พม่า ชาวมลายูส่วนใหญ่ได้อพยพมาพึ่งพระบรมโพธิสมภารของพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชที่กรุงธนบุรี จึงได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้มีการตั้งตำแหน่งจุฬาราชมนตรีขึ้นใหม่ เพื่อเป็นผู้นำทางศาสนาของชาวไทยมุสลิมทั้งในกรุงธนบุรีและในหัวเมืองต่างๆ
ในปัจจุบัน จุฬาราชมนตรีมีบทบาทสำคัญในการส่งเสริมกิจกรรมทางศาสนาอิสลามในประเทศไทย เช่น การจัดกิจกรรมวันฮารีรายอ การจัดค่ายอบรมเยาวชนมุสลิม การเผยแพร่หลักธรรมคำสอนของศาสนาอิสลาม รวมถึงการทำนุบำรุงมัสยิดและสถานศึกษาอิสลามต่างๆ ทั่วประเทศ
นอกจากนี้ จุฬาราชมนตรียังมีบทบาทสำคัญในการส่งเสริมความสามัคคีระหว่างชาวไทยมุสลิมและพี่น้องชาวไทยพุทธ โดยการเป็นสื่อกลางในการเจรจาและแก้ไขปัญหาความขัดแย้งที่เกิดขึ้น รวมถึงการจัดกิจกรรมร่วมกันต่างๆ เช่น การจัดวันเปิดมัสยิด หรือการจัดกิจกรรมกีฬา โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อสร้างความเข้าใจอันดีและเสริมสร้างความสัมพันธ์อันแน่นแฟ้นระหว่างชาวไทยทุกศาสนา
ด้วยบทบาทและภารกิจที่สำคัญเหล่านี้ จุฬาราชมนตรีจึงเป็นตำแหน่งที่มีความสำคัญอย่างมากในสังคมไทย โดยเป็นผู้นำทางจิตใจและเป็นเสาหลักของชาวไทยมุสลิมทั้งประเทศ