Brentfords sejr var deres første på udebane i denne sæson, og det var også deres første sejr over Southampton siden 2016.
Brentford-manager Thomas Frank var glad for sejren og roste sine spillere for deres præstation.
"Jeg er meget stolt af mine spillere," sagde Frank. "Vi spillede rigtig godt i dag, og vi fortjente at vinde."
Southamptons manager Ralph Hasenhüttl var skuffet over nederlaget, men sagde, at hans hold kæmpede hårdt.
"Vi spillede mod et godt hold i dag," sagde Hasenhüttl. "Vi kæmpede hårdt, men det var ikke nok."
Brentford har nu vundet to af deres sidste tre kampe, og de vil være på jagt efter endnu en sejr, når de møder Wolverhampton Wanderers på hjemmebane næste weekend.