Historia powstania Znicza Pruszków sięga roku 1919, kiedy to grupa pracowników zakładów bawełnianych postanowiła założyć przyzakładowy klub sportowy. Założycielami klubu byli Jan Szewczyk, Piotr Juśkiewicz, Stanisław Chodkowski i Kazimierz Koziński. Początkowo drużyna rozgrywała mecze towarzyskie z innymi zakładowymi zespołami w Pruszkowie i okolicach. W 1925 roku Znicz został zarejestrowany jako stowarzyszenie sportowe, co pozwoliło mu na rozgrywanie meczów w oficjalnych rozgrywkach Warszawskiego Okręgowego Związku Piłki Nożnej.
W pierwszych latach swojego istnienia Znicz grał w niższych ligach, jednak w 1930 roku awansował do klasy A, która była wówczas najwyższą ligą okręgową. W sezonie 1933/34 pruszkowianie po raz pierwszy w swojej historii awansowali do 1/8 finału Pucharu Polski, gdzie przegrali z Pogoń Lwów 0:3. W kolejnych latach Znicz utrzymywał się w klasie A, a w sezonie 1936/37 po raz drugi awansował do 1/8 finału Pucharu Polski, gdzie uległ Cracovii 0:4.
Po II wojnie światowej Znicz wznowił swoją działalność w 1947 roku. W sezonie 1948/49 pruszkowianie awansowali do II ligi, która była wówczas drugą ligą w Polsce. W II lidze Znicz grał przez osiem sezonów, a w sezonie 1956/57 po raz pierwszy awansował do I ligi, czyli najwyższej ligi w Polsce. W I lidze Znicz grał przez trzy sezony, a w sezonie 1959/60 spadł do II ligi. W kolejnych latach pruszkowianie grali w II lidze, a w sezonie 1962/63 awansowali do I ligi, w której grają do dziś.
Przez lata swojego istnienia Znicz Pruszków odnosił wiele sukcesów. Klub cztery razy zdobył mistrzostwo Polski, dwa razy Puchar Polski i dwa razy Superpuchar Polski. Znicz jest także jedynym polskim klubem, który zdobył Puchar Intertoto (w 1995 roku). W Europie Znicz grał w Pucharze Mistrzów, Pucharze UEFA i Pucharze Intertoto. Największym sukcesem pruszkowian w rozgrywkach europejskich jest awans do 1/8 finału Pucharu UEFA w sezonie 1993/94, gdzie przegrali z Olympique Lyon 0:2 i 1:4.
Znicz Pruszków jest jednym z najbardziej utytułowanych klubów w Polsce. Klub czterokrotnie zdobył mistrzostwo Polski, dwa razy Puchar Polski i dwa razy Superpuchar Polski. Znicz jest także jedynym polskim klubem, który zdobył Puchar Intertoto (w 1995 roku). W Europie Znicz grał w Pucharze Mistrzów, Pucharze UEFA i Pucharze Intertoto. Największym sukcesem pruszkowian w rozgrywkach europejskich jest awans do 1/8 finału Pucharu UEFA w sezonie 1993/94, gdzie przegrali z Olympique Lyon 0:2 i 1:4.