Fernandes ble født i Lisboa i 1986 og begynte å spille fotball i en ung alder. Han ble raskt lagt merke til for sine tekniske ferdigheter og sin offensive sans, og i 2004 debuterte han for Benficas førstelag. Han ble raskt en nøkkelspiller for laget, og hjalp dem til å vinne fire ligatitler på rad mellom 2005 og 2009.
I 2009 flyttet Fernandes til Valencia i Spania. Han ble der i tre sesonger, og vant Copa del Rey i 2011. Det var imidlertid i Tyrkia at han virkelig fant suksess. I 2014 signerte han for Besiktas, og ble raskt en publikumsfavoritt. Han hjalp laget til å vinne to tyrkiske cuptitler, og ble kåret til årets spiller i Tyrkia i 2017.
Til tross for sin suksess på klubnivå, fikk Fernandes aldri en ordentlig sjanse til å vise seg frem på landslagsnivå. Han fikk bare fire kamper for Portugal, og deltok aldri i et stort mesterskap. Dette er noe mange anser som en stor urettferdighet, da Fernandes utvilsomt hadde vært en verdifull spiller for Portugal om han hadde fått muligheten.Nå, i en alder av 36 år, går Fernandes mot slutten av karrieren. Han spiller for tiden for Al-Fateh i Saudi-Arabia. Selv om han kanskje aldri fikk den anerkjennelsen han fortjente på verdensbasis, vil han bli husket som en av de mest teknisk begavede fotballspillerne i sin generasjon. Han var en kunstner på banen, og hans spill etterlot et varig inntrykk på alle som så ham spille.
"Fernandes var en magiker på banen. Han hadde en evne til å gjøre det umulige mulig, og spillet hans var en fryd å se på." - Ronaldinho