Po rozpadzie Związku Radzieckiego Szojgu został doradcą Borysa Jelcyna ds. spraw obronnych i bezpieczeństwa. W 1993 roku mianowano go sekretarzem Rady Bezpieczeństwa Federacji Rosyjskiej, a następnie ministrem spraw nadzwyczajnych. Na tym stanowisku nadzorował rosyjską odpowiedź na powódź w Lenie w 2001 roku, kryzys z zakładnikami w szkole w Biesłanie w 2004 roku i katastrofę lotniczą w Smoleńsku w 2010 roku.
W 2012 roku Szojgu został mianowany ministrem obrony. Od tego czasu nadzorował gruntowną modernizację rosyjskich sił zbrojnych, w tym zakup nowego sprzętu, reorganizację struktury dowodzenia i kontrolę oraz zwiększenie liczebności armii. Odgrywał również kluczową rolę w rosyjskiej interwencji wojskowej na Ukrainie, która rozpoczęła się w 2014 roku. Szojgu jest postrzegany jako bliski sojusznik Władimira Putina i uważany jest za potencjalnego następcę prezydenta.
Szojgu jest kontrowersyjną postacią. Jest oskarżany o korupcję, łamanie praw człowieka i wspieranie reżimu Putina. Jest jednak również bardzo popularny wśród Rosjan, którzy widzą w nim silnego i skutecznego przywódcę. Szojgu jest także utalentowanym mówcą i ma dar nawiązywania kontaktu z ludźmi.
Przyszłość Szojgu jest niepewna. Nie jest jasne, czy pozostanie na stanowisku ministra obrony, czy też otrzyma bardziej zaszczytną funkcję w rządzie. Pewne jest jednak, że pozostanie potężną postacią w rosyjskiej polityce przez wiele lat.
Moim zdaniem Sergiej Szojgu jest jedną z najciekawszych i najbardziej złożonych postaci w rosyjskiej polityce. Jest potężnym politykiem, który piastował najwyższe stanowiska w rządzie. Jest także tajemniczą postacią, która owiana jest aurą tajemniczości. Trudno powiedzieć, co Szojgu zrobi dalej, ale z pewnością pozostanie potężną postacią w rosyjskiej polityce przez wiele lat.